Francisco Pelsaert wordt rond 1595 geboren in Antwerpen. Als jonge koopman trekt hij naar het noorden. Hij komt in Amsterdam terecht en treedt in 1615 in dienst van de VOC. Tien jaar lang handelt hij namens de VOC in Azië, aanvankelijk als onderkoopman en later als opperkoopman. In 1628 wordt hij, na een kort verblijf in Holland, aangesteld als opperkoopman op de Batavia. In die functie is hij op het schip de hoogste in rang en voert hij bevel over het schip.